Sungai Johor merupakan satu nama besar yang tercatat padanya sejarah kegemilangan Kerajaan Johor. Selama 400 tahun, di perairan sungai itu telah berlaku proses mempertahankan kedaulatan negara, meneruskan warisan kerajaan, mengukuhkan tamadun bangsa Melayu dalam mempertahankan maruah bangsa, agama dan negara. Sejarah keruntuhan kerajaan Melaka pada tahun 1511 di warisi oleh kerajaan Johor mulai tahun 1528. Semua catatan detik gemilang dan peristiwa bersejarah itu tertinggal kukuh si sepanjang sungai ini sehingga hari ini.
Memuduki sungai Johor kira-kira 80 kilometer bermula daripada muara sungai di Telok Sengat hingga ke hulu sungai, iaitu Sayong Pinang. Sebahagian besar tinggalan sejarah berusia antara 100 hingga 400 tahun, iaitu sejak pemerintahan Sultan Alauddin Riayat Syah II (1528-1564) hingga Sultan Abdul Jalil Syah IV (1699-1718) boleh disaksikan.
Antara bukti tinggalan itu, ialah adalah bekas kota lama dan kubu pertahanan, makam sultan, kerabat, dan pembesar diraja serta binaan lain yang sudah tertimbus. Antara yang masih terpelihara seperti Kota Batu Johor Lama, Makam Sultan Mahmud (Mangkat Dijulang), Bendahara Tun Habib, Kota Makam Touhid, Makam Laksamana Bentan, Sultan Muzaffar Syah, Sultan Abdul Jalil Syah I, Sultan Ali Jalla Abd. Jalil Syah, Makam 7 dan Makam 12 di Sayong Pinang.
Lokasi bersejarah seperti Pekan tua, Sayong Pinang, Johor Lama, Seluyut, Batu Sawar, Kota Tinggi dan Panchor yang terletak di persisiran Sungai Johor itu bersilih ganti menjadi ibu negeri kerajaan Johor. Di setiap lokasi juga terdiri megah kota-kota pertahanan yang dibina bagi mempertahankan serangan daripada musuh seperti Portugis, Belanda, Aceh dan Jambi ketika era itu.
Proses pemeliharaan dan pemuliharaan tapak-tapak sejarah itu dijalankan dari semasa ke semasa oleh kerjaan di bawah kelolaan Jabatan Muzium Malaysia dan Yayasan Warisan Johor (YWJ). Catatan berkenaan tinggalan dan peristiwa bersejarah yang berlaku di Sungai Johor itu semua di abadikan di Muzium Kota Tinggi di Jalan Laksamana dan Muzium Kota Johor Lama di Kampung Johor Lama.
